Mặc dù được dự báo tốt và theo dõi trong suốt thời gian tồn tại,[1] Hiệu ứng của Typhoon Vera rất tai hại và lâu dài.[1] Ngoài cường độ của cơn bão, thiệt hại nghiêm trọng và số người chết lớn là một phần do sự thiếu khẩn cấp từ truyền thông Nhật Bản trước khi đổ bộ của Vera.[6] Mặc dù ước tính chi phí thiệt hại cho thấy tổng số vượt quá US $ 261   triệu (tương đương 2,24 tỷ đô la Mỹ 2019),[1] các ước tính thiệt hại khác cho thấy chi phí thiệt hại lên tới 600 đô la Mỹ   triệu (tương đương 5,16 tỷ USD 2019).[7] Số người chết vẫn chưa rõ ràng, nhưng các báo cáo thường chỉ ra rằng khoảng 5.000   người đã thiệt mạng,[1][1][8] với hàng trăm người khác mất tích.[1][8] Ngoài người chết gần 40.000   người bị thương,[8] và thêm 1.6   Hàng triệu người bị vô gia cư.[1] Toàn quốc khoảng 834.000   nhà cửa bị phá hủy và khoảng 210.000   ha (520.000   ac) của các lĩnh vực nông nghiệp đã bị hư hại.[8] Thiệt hại do Vera gây ra đã khiến nó trở thành cơn bão nguy hiểm nhất trong lịch sử Nhật Bản, thành công sau cơn bão Muroto năm 1934.[9][10] Vera cũng là thảm họa tự nhiên nguy hiểm thứ ba ở Nhật Bản trong thế kỷ 20,[1][10] chỉ sau trận động đất lớn Hanshin năm 1995 và trận động đất vĩ đại Kantō năm 1923.[1]

Trước khi đổ bộ của Vera, mưa lớn trước cơn bão đã xảy ra trên khắp vùng Tōkai của Nhật Bản bắt đầu từ tháng 9   23,[1] khi cơn bão đạt cường độ cực đại trên vùng nước mở.[3] Ở Nagoya, tổng lượng mưa đạt 10   cm (4   trong). Ở những nơi khác trong vùng Tōkai, gần 20   cm (8   trong) mưa đã được báo cáo. Lượng mưa đã gây ra lũ lụt dọc theo một số lưu vực sông trong cơn mưa. Lượng mưa ổn định đã xảy ra trong suốt đoạn Honshu của Vera, mặc dù trận lụt tồi tệ nhất xảy ra sau trận đổ bộ ban đầu của cơn bão.[1] Ở Kawakami, Nara, một trận lở đất đã giết chết 60 người   người sau khi nghiền nát 12   nhà cửa.[1]

Hầu hết các thiệt hại liên quan đến Vera là kết quả của cơn bão có sức tàn phá rất cao. Tại bờ biển, cường độ của bão đã gây ra một cơn bão mạnh làm ngập lụt các vùng ven biển vùng thấp. Ở vịnh Ise, độ cao của bão đã được tăng cường đáng kể do độ cong của đất và độ sâu nông của vịnh, cho phép nước dễ dàng di chuyển theo chiều dài của vịnh về phía bờ biển.[1][6] Ngoài ra, cơn bão đi qua khu vực khi thủy triều lên.[11] Mực nước bắt đầu dâng cao trước khi đổ bộ của Vera và lên đến đỉnh điểm trong cơn bão đầu tiên của cơn bão Honshu. Đo lường nước dâng do bão cao nhất được quan sát thấy ở Cảng Nagoya, nơi mực nước đạt đỉnh 3,9 m (13 ft) trên mức bình thường. Nước dâng do bão dữ dội dễ dàng nhấn chìm hoặc phá vỡ những con đê đất và các cơ chế phòng chống lũ khác xung quanh Vịnh Ise.[1] Tuy nhiên, những con đê ven biển này vẫn còn dang dở một phần và bị ảnh hưởng nghiêm trọng bởi cơn bão của Vera.[6] Chỉ các hệ thống giảm thiểu lũ mới được lắp đặt dọc theo phần phía nam của vịnh mới có thể chịu được tác động của sóng.[1] Ngoài khơi, sóng chìm 25   thuyền đánh cá, với hàng ngàn tàu khác bị mắc cạn hoặc mất tích.[12] Tổng cộng, thiệt hại đã được báo cáo đến 7.576   tàu thuyền.[8] Ngoài tàu bị hư hỏng, nhiều bè hàu cũng bị mất, với tổng thiệt hại là 6 đô la Mỹ   triệu.[12] Ngoài ra, 75   Hàng triệu con hàu ngọc trai bị mất sóng, kết quả là US $ 10   triệu lỗ thêm.[13]

Tình trạng ngập lụt gây ra bởi các khu vực ngập nước do bão của Vera gây ra xung quanh vùng ngoại vi của vịnh trong thời gian dài, với một số khu vực thấp nằm dưới nước trong hơn bốn tháng.[1] Do sự thất bại của nhiều hệ thống giảm thiểu lũ lụt liên tiếp, cùng với phạm vi phủ sóng hẹp của viễn thông bị ảnh hưởng bởi gió mạnh của Vera, nhiều người ở các khu vực bị ảnh hưởng đã phải di tản rất ít.[6] Nagoya là một trong những thành phố bị ảnh hưởng nặng nề nhất bởi Vera, và do hậu quả của bão và gió, bến cảng của nó đã bị ngừng hoạt động trong vòng chưa đầy ba giờ.[1] Ảnh hưởng của cơn bão dữ dội đã trở nên tồi tệ hơn bởi sự phá hủy các bãi gỗ ở cảng Nagoya, nơi đặt ra một lượng lớn các khúc gỗ gây ra thiệt hại đáng kể cho các công trình.[6] Việc phát hành nhật ký cũng cản trở những nỗ lực cứu trợ sau khi cơn bão đi qua. Toàn thành phố, 50.000   những ngôi nhà bị thiệt hại nặng nề bởi nước lũ và 1.800   nơi cư trú khác đã bị cuốn trôi khỏi nền tảng của họ.[1] Tổng thiệt hại cho cây trồng được ước tính là US $ 30   triệu.[12] Cây lúa chịu tác động nặng nề, với 150.000   tấn (135.000   tấn) gạo bị mất. Ngoài thiệt hại mùa màng, US $ 2,5   trái cây trị giá hàng triệu đô la và 4 đô la Mỹ   rau trị giá hàng triệu đồng đã bị mất.[14] Sự sụp đổ của một ngôi nhà chung cư duy nhất trong thành phố chôn vùi 84   người dưới đống đổ nát; một sự cố tương tự ở Naka, Ibaraki đã chôn khoảng 300   những người.[15] Những ngôi nhà trên bãi biển đã bị phá hủy, và những vùng đất rộng lớn gần đó bị tàn phá nặng nề.[9] Ngoài cơn bão, Nagoya còn trải qua những cơn gió kéo dài khoảng 145   km/h (90   mph), với những cơn gió mạnh lên tới 260   km/h (160   mph), giảm đường dây điện và gây mất điện.[1] Đông Nam của Nagoya, ở Handa, Aichi, khoảng 300   người ta đã bị giết sau khi sóng của Vera nhấn chìm hơn 250   nhà cửa.[1] Thương vong trên toàn tỉnh Aichi là 3.168 và khoảng 59.000   người ta bị thương, dựa trên bảng liệt kê được tiến hành vào tháng 3   1960.[6]

Ở phía tây của Vịnh Ise, ở tỉnh Mie, 1.233   người đã thiệt mạng, với khoảng 5.500   những người khác bị thương duy trì.[1] Khoảng 95%   Nagashima bị nhấn chìm dưới nước.[16] Kuwuna gần đó chịu số phận tương tự 80%   Thành phố thích hợp đã bị ngập lụt. Ở đó, 58   người đã thiệt mạng và 800   những người khác đã được di dời. Các thị trấn Kamezaki và Kamiyoshi cũng bị xóa sổ do ngập lụt.[17] Xa hơn trong đất liền, ở tỉnh Nagano, gió mạnh đã thổi bay vô số ngôi nhà.[1] Sân bay Tachikawa của Không quân Hoa Kỳ gần Tokyo chịu thiệt hại đáng kể từ cơn bão, với chi phí thiệt hại lên tới hơn 1 đô la   triệu.[18]